A cidade de Nagasaki tinha, até à altura, sido um dos maiores e mais importantes portos de mar do sul do Japão, sendo, por isso, de grande importância em tempo de guerra devido à sua abrangente atividade industrial, incluindo a produção de canhões e munições, navios, equipamento militar, e outros materiais de guerra.
Em contraste com os vários aspectos modernos de Nagasaki, a grande maioria das residências era de construção japonesa antiquada, sendo a madeira a principal matéria-prima. Era freqüente nem ser sequer usada argamassa na sua construção, e os telhados eram de telha simples. Muitos dos edifícios que albergavam a pequena indústria eram também feitos de madeira ou de outros materiais não concebidos para suportar explosões. Foi permitido a Nagasaki, durante muitos anos, crescer sem obedecer a um plano urbanístico; as residências eram construídas junto a edifícios de fábricas, sendo o espaço entre os edifícios mínimo. Esta situação repetia-se maciçamente por todo o vale industrial.
Até à explosão nuclear, Nagasaki nunca tinha sido submetida a bombardeamentos de larga escala. A 1 de Agosto de 1945, no entanto, várias bombas convencionais de elevada potência foram largadas sobre a cidade. Algumas delas atingiram os estaleiros e docas do sudoeste da cidade. Várias outras atingiram a Mitsubishi Steel and Arms Works e 6 bombas caíram na Escola de Medicina e Hospital de Nagasaki, com três impactos diretos nos seus edifícios. Embora os danos destas bombas tenha sido relativamente pequeno, criou preocupação considerável em Nagasaki, tendo várias pessoas – principalmente crianças da escola -, por uma questão de segurança, sido evacuadas para áreas rurais reduzindo, assim, a população da cidade por altura do ataque nuclear.
A norte de Nagasaki existia um campo de prisioneiros de guerra britânicos. Estes encontravam-se a trabalhar em minas de carvão, pelo que apenas se inteiraram acerca do bombardeamento quando retornaram à superfície. Para eles, foi a bomba que lhes salvou as suas vidas. No entanto, pelo menos 8 prisioneiros pereceram, embora um número de até 13 possa ser possível e outros possivelmente linchados pela população, sendo 1 britânico e 7 holandeses que morreram no bombardeamento.
Pelo menos 2 prisioneiros, de acordo com o reportado, morreram no pós-guerra devido a câncer que se supõe ter sido causado pelo bombardeamento atômico.
O Bombardeamento
Na manhã de 9 de agosto de 1945, a tripulação do avião dos EUA B-29 Superfortress, batizado de Bockscar, pilotado pelo Major Charles W. Sweeney e carregando a bomba nuclear de nome de código Fat Man, deparou-se com o seu alvo principal, Kokura, obscurecido por nuvens. Após três vôos sobre a cidade e com baixo nível de combustível devido a problemas na sua transferência, o bombardeiro dirigiu-se para o alvo secundário, Nagasaki – a maior comunidade cristã do Japão. Cerca das 07:50 (fuso horário japonês) soou um alerta de raide aéreo em Nagasaki, mas o sinal de “tudo limpo” (all clear, em inglês) foi dado às 08:30. Quando apenas dois B-29 foram avistados às 10:53, os japoneses aparentemente assumiram que os aviões se encontravam em missão de reconhecimento, e nenhum outro alarme foi dado.
Alguns minutos depois, às 11:00, o B-29 de observação, batizado de The Great Artist (em português “O Grande Artista”), pilotado pelo Capitão Frederick C. Bock, largou instrumentação amarrada a três pára-quedas. Esta continha também mensagens para o Professor Ryokichi Sagane, um físico nuclear da Universidade de Tóquio que tinha estudado na Universidade da Califórnia com três dos cientistas responsáveis pelo bombardeamento atômico. Estas mensagens, encorajando Sagane a falar ao público acerca do perigo destas armas de destruição maçica, foram encontradas pelas autoridade militares, mas nunca entregues ao acadêmico.
Às 11:02, uma aberta de última hora nas nuvens sobre Nagasaki permitiu ao artilheiro do Bockscar, Capitão Kermit Beahan, ter contacto visual com o alvo. A arma Fat Man, contendo um núcleo de aproximadamente 6,4 kg de plutônio-239, foi largada sobre o vale industrial da cidade. Explodiu 469 metros sobre o solo, a cerca de meio caminho entre a Mitsubishi Steel and Arms Works (a sul) e a Mitsubishi-Urakami Ordnance Works (a norte), os dois principais alvos na cidade. De acordo com a maior parte das estimativas, cerca de 40.000 dos 240.000 habitantes de Nagasaki foram mortos instantaneamente, e entre 25.000 a 60.000 ficaram feridos. No entanto, crê-se que o número total de habitantes mortos poderá ter atingido os 80.000, incluindo aqueles que morreram, nos meses posteriores, devido a envenenamento radiativo.
Os hibakusha
Os sobreviventes do bombardeamento são chamados de “hibakusha” (被爆者), uma palavra japonesa que é traduzida literalmente por “pessoas afetadas por bomba”. O sofrimento causado pelo bombardeamento foi a raiz do pacifismo japonês do pós-guerra, tendo este país, desde então, procurado a abolição completa das armas nucleares a nível mundial. Em 2006, havia cerca de 266.000 hibakusha ainda vivendo no Japão.